La Cueva del Boquete de Zafarraya se sitúa en la vertiente sur de la Sierra de Alhama, a unos 1.100 metros de altitud.
Se trata de una cavidad de tamaño medio cuya entrada se sitúa sobre un farallón vertical. A pocos metros de la entrada la cavidad se bifurca en dos conductos: El primero, hacia la izquierda, tiene un desarrollo vertical; el conducto de la derecha, verdadera galería, presenta un relleno de sedimentación arqueológica en una longitud de 16,30 metros.
La cueva del Boquete de Zafarraya es el yacimiento de la península Ibérica que mayor número de restos neandertalenses ha proporcionado. Además, la datación de estos restos ha confirmado que son más recientes que los de Europa, que confirman la pervivencia del «Homo neanderthalensis» en Andalucía, mientras en Europa era sustituido por el hombre moderno.
Asociado a estos restos aparece una industria típicamente musteriense, que por su arcaísmo demuestra que no se han producido contactos con el hombre moderno; asimismo, los restos faunísticos encontrados, con predominio de la «Capra Ibex Pyrenaica», parece demostrar la existencia de una especialización en sus actividades cinegéticas, lo que transformaría totalmente la idea de que no seleccionaban su caza.
Las excavaciones arqueológicas también han proporcionado abundantes materiales del Paleolítico Superior y del Neolítico, lo que demuestra que la cueva ha tenido un asentamiento continuado.
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