El Archivo General de Indias se creó en 1785 bajo el reinado de Carlos III con el objetivo de centralizar en un único lugar la documentación referente a las colonias españolas, hasta entonces dispersa en diversos archivos: Simancas, Cádiz y Sevilla.
La Casa Lonja de Mercaderes de Sevilla, construida en época de Felipe II entre 1584 y 1598 por Juan de Mijares sobre planos de Juan de Herrera, es la sede del archivo.
Los documentos que conserva el archivo ocupan más de nueve kilómetros lineales de estantería. Se trata de 43.175 legajos, unos 89 millones de páginas y 8.000 mapas y dibujos que proceden fundamentalmente de los organismos metropolitanos encargados de la administración de las colonias.
Es el mayor archivo existente sobre la actividad de España en América y Filipinas, conteniendo información sobre la historia política y la historia social, la historia económica y la de las mentalidades, la historia de la Iglesia y la historia del arte o la geografía de aquellos territorios.
Guarda una gran cantidad de piezas de gran valor histórico: textos autógrafos de Cristóbal Colón, Fernando de Magallanes, Vasco Núñez de Balboa, Hernán Cortés y Francisco Pizarro.
Toda esta documentación se encuentra al servicio de los investigadores que cada año pasan por el archivo.
El Archivo es uno de los archivos generales (junto con el Archivo General de la Corona de Aragón y el Archivo General de Simancas) pertenecientes al Estado español. En 1987 fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la Unesco.