Santa María de Aguayo es una localidad del municipio de San Miguel de Aguayo (Cantabria, España). En el año 2012 contaba con una población de 71 habitantes (INE). La localidad está situada a 860 msnm, y a 2 km de la capital municipal, San Miguel de Aguayo.
Hacia 1840, pocos años después de que se formara el ayuntamiento de San Miguel de Aguayo en 1835, Santa María se separa, convirtiéndose en ayuntamiento independiente. Esta situación duró hasta mediados de siglo, cuando se reintegró de nuevo en el municipio de San Miguel de Aguayo, al que sigue perteneciendo en la actualidad.
