Dice la tradición que antes de edificar la ermita de San Sebastián, patrón de Órgiva, existía una fortaleza visigoda que dominaba, desde la cúspide de una suave colina, asiento hoy de la ermita, el hermoso valle en el que se encuentra situada Órgiva y los poblados circunstantes. Tras la destrucción a lo largo de los siglos de este reducto visigodo, en 1589 se abrieron los cimientos de la ermita sobre el solar del viejo castillo. Su edificio, de una sola nave, de forma octogonal, ocupa una extensión de 130 metros cuadrados. No presenta estilo determinado en su sencilla arquitectura. La ermita fue erigida canónicamente en 1591 por el arzobispo de Granada, Pedro de Castro y Quiñones, fundador de la Abadía del Sacromonte.
El patronazgo de San Sebastián, que arranca de 1591, se implantó en la parroquia a raíz de una epidemia de peste que asoló la comarca, causando numerosas víctimas en los pueblos de la Alpujarra. En 1724 se reprodujo, con iguales síntomas, la maligna enfermedad, pero Órgiva y algunos pueblos de su cabecera fueron preservados de la peste, lo que determinó el incremento de la devoción al santo patrón en los lugares indicados.
Durante la Guerra Civil Española de 1936 el edificio de la ermita sufrió un notable quebranto, quedando en estado ruinoso. Se reconstruyó posteriormente en 1951, se modificó la antigua portada, también se renovó la solería, se afirmó la cimentación y se introdujeron algunas modificaciones en la decoración de las capillas, conservándose intacto el primitivo retablo de yeso, en el cual se venera a San Sebastián. A ambos lados del mismo se hallan las capillas de Nuestra Señora de la Aurora y Santa Ana.
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