Morata de Tajuña se encuentra en el valle del río Tajuña, en la comarca natural de La Alcarria y, oficialmente, en la comarca de Las Vegas.
Limitando al norte con Arganda del Rey, al sur con Chinchón y Valdelaguna, al este con Perales de Tajuña y al oeste con San Martín de la Vega.
Como apuntábamos, Morata de Tajuña se encuentra situado en el curso bajo del río Tajuña, en el valle que forma la vega de Morata de Tajuña.
Las aguas del río se usan para el riego en la amplia vega por la que discurre, a través de numerosas caceras o acequias, y también para proporcionar energía hidráulica a los molinos harineros del municipio y alrededores.
El nombre de Morata de Tajuña puede tener su origen en que en su término había muchas moreras y morales, o bien por su terreno, que estaba muy dispuesto para ello, para el cultivo de moreras.