La iglesia parroquial de San Juan Bautista es de una sola nave rectangular, es de mampostería y sillería. La planta del edificio es de cruz latina, con los brazos poco pronunciados y con ábside poligonal. Su orientación es la habitual, con la cabecera hacia el este y al oeste la fachada principal.
La Torre es una elevada construcción de tres cuerpos, de los cuales los más antiguos del edificio son los dos inferiores. Tres son las Portadas que dan acceso al templo; la portada principal es renacentista, su traza es de Juan Álvarez; la portada del norte o evangelio es de estilo plateresco, aunque con algún resto gótico; la portada sur o de la epístola presenta ligeras variantes de la portada norte. El interior del templo, muy espacioso e iluminado, tiene una sola nave de grandes dimensiones.
La iglesia sirvió de lugar de enterramiento, como se deduce de los libros de difuntos y de las inscripciones que hay sobre las losas de su suelo. Cada sepultura consta de tres losas y una moldura lisa que las rodea. Estaba dividida en cinco departamentos o capillas y las sepulturas en ellas situadas tenían distinto precio, según el lugar que ocuparan.
En los últimos años se han llevado a cabo algunas obras de restauración, debido al deterioro de algunas partes del templo, como es la del arco carpanel del coro, la Sacristía, las cubiertas y hastial este, la carpintería en torre y vidrieras en fachada, así como la iluminación del templo. Por último, en el año 1999 se ha realizado el limpiado y restauración del magnífico retablo del altar mayor.
Una curiosidad sobre la historia de Malpartida, su gentilicio y su santo: los habitantes de Malpartida de Plasencia son conocidos por el gentilicio de"chinatos". Aunque no se sabe a ciencia cierta el origen de esta denominación, se hace uso de la literatura popular para ofrecer una leyenda a dicho gentilicio, basándose en que, en cierto momento histórico, los habitantes de Malpartida, hartos de tener que asistir al culto religioso a Plasencia, se llevaron la imagen del Santo (San Juan Bautista) a su pueblo. Los habitantes de Plasencia, indignados, corrían detrás de ellos, pero éstos les lanzaban piedras grandes (chinarros), y de ahí el nombre. Aunque estudiosos de la región aseguran que el nombre proviene, probablemente de un asentamiento ganadero existente antiguamente en la localidad, llamado "La china"...