El edificio, del siglo XVIII, es el resultado de muchas ampliaciones y reformas desde la construcción de su primitiva capilla, mandada construir por un personaje de la nobleza malagueña, Antonio Tomás Guerrero Coronado y Zapata II conde de Buenavista.
La primera piedra fue colocada el 3 de marzo de 1720 en la Plaza de los Canteros, junto a calle Gaona, llegando a culminar la obra diez años más tarde en lo que fue una capilla de pequeñas dimensiones. A partir de este momento las solicitudes de diferentes órdenes religiosas para ocupar la capilla eran cuantiosas, pero el conde las rechazó una a una, interesándose y finalmente concediéndola a la orden de los filipenses, ya que el conde sintió una premonición cuando estos pidieron instalarse en la capilla, debido a que pensaba encomendarla a San Felipe Neri. La petición de que esta capilla fuera ocupada por ésta orden, fue llevada a cabo por el cardenal Gaspar de Molina, haciéndola presente mediante una carta el 11 de noviembre de 1738.
A principios de julio del año siguiente el conde de Buenavista cede a los Padres Filipenses la iglesia, compuesta por una capilla superior y otra subterránea, una sacristía, numerosas ornamentaciones, esculturas, pinturas, una vivienda situada junto a la iglesia, y varias casas situadas en calles aledañas para el sostenimiento de la congregación. También cedió el uso de la capilla subterránea a la orden “Escuela de Jesús”, aunque esta fuera propiedad de los filipenses. El 11 de julio de 1739 se efectuó una procesión desde la catedral a la capilla, en la que participaron los dos cabildos, cofradías, parroquias y comunidades religiosas, un día más tarde se llevaba a cabo la primera misa oficial en la capilla. [Wikipedia]
