Fuentes de Magaña se encuentra localizado en la provincia de Soria. Esta enclavada en la comarca de las Tierras Altas en N.E. de la provincia y rodeada de las Sierras del el Alcarama y del Rodadero por el Norte. Su altitud es de 1.145 metros sobre el nivel del mar y con una extensión de su término municipal de 11,2 Km. cuadrados. Limita con los términos municipales de Valtajeros al Oeste; Valdeprado al Norte; Cerbón al Este y Magaña al Sur.
Su relieve es áspero y abrupto, cuenta con numerosas estribaciones que cercan a la villa, los cerros Serrezuela, Dehesa y Carracierzo que rondan una altitud aproximada a 1.300 m sobre el nivel del mar.
Su término esta salpicado de varios barrancos de donde surgen numerosas fuentes y manantiales. Riega el término el arroyo Monte, afluyente por la izquierda del río Alhama que se le une en Magaña.
El pueblo cuenta con su propio circuito de senderismo denominado Las Rutas Naturales de Fuentes de Magaña. Incluye esta propuesta tres rutas de Pequeño Recorrido, dos de ellas homologadas, la Ruta Circular de las Fuentes y la Ruta a Fuente de Hoyamanera.
A destacar también el yacimiento de icnitas, situado muy cerca del pueblo.