Fue creada como Seminario de San Antonio de Padua de Comillas el 16 de diciembre de 1890 en Comillas (Cantabria), erigido por el Papa León XIII, mediante el Breve "Sempiternam Dominici Gregis". En sus inicios era un seminario católico para la formación de candidatos al sacerdocio, promovido a instancias del padre jesuita Tomás Gómez Carral (1837-1898) y construido por su patrocinador, Antonio López y López (1817-1883), primer marqués de Comillas, y su hijo Claudio López Bru (1853-1925), segundo marqués de Comillas, que continuaría la labor de su padre. Su disciplina interna y calidad académica hicieron de él un lugar en el que confluyeron un importante número de vocaciones sacerdotales procedentes de todas las diócesis españolas, hispanoamericanas y de Filipinas. El aumento de su actividad hizo que paulatinamente se fueran agregando nuevos edificios a los ya existentes: Seminario Mayor (1882), Seminario Menor (1912), Colegio Máximo (1944) y el Colegio Hispanoamericano (1946).
El 19 de marzo de 1904, el Papa San Pio X concede al Seminario Pontificio de Comillas, por medio del Decreto "Praeclaris honoris argumentas", la facultad de conferir grados académicos en Filosofía, Teología y Derecho Canónico, convirtiéndolo en Universidad Pontificia.
El 24 de enero de 1969, Su Santidad Pablo VI autoriza y refrenda mediante carta al Gran Canciller el traslado a Madrid de la universidad y su apertura a la enseñanza de seglares.
El 20 de junio de 1978 se realizaron la erección canónica y la incorporación de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales, de la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, de la y de la Escuela Universitaria de Ingeniería Técnica Industrial (centros universitarios de ICAI-ICADE) a la ahora denominada Universidad Pontificia Comillas. El Estado español reconoció plenos efectos civiles a los estudios cursados en las mencionadas Escuelas y Facultades, por Real Decreto 1610/1979, de 4 de abril, de confomidad con lo establecido en el Convenio entre la Santa Sede y el gobierno español de 5 de abril de 1962.
Posteriormente se han ido incorporando a la universidad nuevos centros de estudio e investigación, hasta llegar a las 4 facultades, 2 escuelas y 7 institutos que la componen actualmente.
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