Adosada al claustro se encuentra la Iglesia de Santiago Apóstol. En su construcción se utilizó la mampostería, el ladrillo y la piedra de sillería. Su fachada es bastante irregular presentando una composición volumétrica donde sobresale una escalera de caracol, contrafuertes adosados y una espadaña barroca del dieciocho.
Se trata de una obra gótica tardía, de finales del XV, es de una sola nave, de gran amplitud, con cuatro capillas hornacinas en el lateral de la Epístola, sacristía y la capilla bautismal, hoy de Sagrario. Se cubre con bóveda de crucería en forma de estrella, cuyos nervios descansan en pilastras constituidas por semicolumnas adosadas. Las capillas hornacinas tienen boveditas de crucería en su variedad de “espejo” sobre arcos de medio punto. La portada principal del templo es renacentista, adintelada, con cuatro columnas toscanas y hornacinas vacías en los intercolumnios, cuatro flameros por coronamiento y tímpano en arco. La del lado del Evangelio es gótica, perfilada en dintel, con dos cuartos de círculo y hornacina vacía. El retablo mayor está constituido por ocho lienzos de Eduardo Acosta que representan a los cuatro evangelistas, escenas de la batalla de Tentudía, con la aparición de la Virgen a Pérez Correa, y coronando el conjunto la figura ecuestre del Apóstol Santiago. La hornacina está ocupada por una talla de madera del Cristo Crucificado, datada en el s. XVI, que ha sido restaurada. En las vidrieras podemos observar la flor de lis que representa el triunfo y la espada de la Orden de Santiago. El púlpito, situado junto al arco toral, es de granito con cuerpo octogonal que descansa en base gallonada sustentada por un pilar del mismo material. Al pie de la escalera de acceso hay una pileta de agua bendita de piedra granítica con cazuela gallonada. A los pies de la nave se encuentra la tribuna que se alza sobre arco escarzado y bóveda de crucería muy plana.
Durante la estancia de los freires de S. Marcos de León la iglesia se benefició de mucho mobiliario, enseres que trajeron consigo, llegando a contar con hasta 5 órganos.
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